双频测深仪利用其高低频波束可达量程的不同，在测量中可根据所测水域的深度采用不同频率的测深数据。测淤泥功能体现在声波穿透能力不同，例如当水深小于一百米时采用高频数据，当水深大于一百米时采用低频数据；在河道清淤项目中也可通过高低频的测深差值得出河道淤泥厚度。可应用于无人船等设备集成，也可配合南方的自由行8.0软件、海洋之星软件和无人船软件应用于江河、湖泊、近海等水域进行精密水深测量。
双频测深仪整套系统全部采用测深软件自动控制测深，智能动态信号检测、识别和锁定跟踪，实时监测和控制测深全过程，保证了测深系统的高等级测深精度和可靠性。测深数据和图像实时显示、存储、同步打印图像，同时通过系统内部的数据传输到测量软件，并可接分显示器到操控台，实现测深与导航的双重功能,是目前国产可靠的全数字双频测深系统。
双频测深仪的高频、低频部分会测得不同的水深的原因是：
这是由于在水下除了水体与浮泥层之间有分界面之外，还有浮泥层与淤泥层、各个密度不同的淤泥层之间存在许多的分界面。声波信号如果能传递到这些分界面上也同样能产生回波信号。低频声波能穿透浮泥层及密度较小的淤泥层继续向深处传递，而高频声波则无法穿越浮泥层，这是由于不同频率的声波在介质中的衰减情况不同引起。在水下测量工作中，声波在传递过程中的衰减、反射等声波的物理特性受水底底质因数影响较大。
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